进入 21 世纪后，生命科学的发展重点从人类基因组测序转向了基因功能、蛋白质功能探测，美国又率先拉开了以蛋白质和药物基因学为研究重点的后基因组时代的帷幕。时至今日，美国崛起了波士顿、旧金山湾、华盛顿、圣迭戈和北卡研究三角园等 5 大生物产业基地，成为地方经济支柱和美国生物技术产业化的基础。五大基地拥有实力丰沛雄厚的大学和研究机构做强大后盾。如波士顿的哈佛大学和麻省理工学院，旧金山湾区的加利福尼亚大学旧金山分校、加利福尼亚大学伯克利分校和斯坦福大学，大华府地区则云集了一批世界级的教学、研究、管理机构，如美国国家卫生研究院、美国食品和药物管理局、霍华德。休斯医学院研究实验室、马里兰大学研究中心和约翰斯。霍普金斯大学等。北卡罗来纳研究三角园则毗邻北卡罗来纳州着名的杜克大学和北卡罗来纳大学查珀尔希尔分校。
微生物学的知识面由于和临床医学有一定的交叉，主要偏重于基础研究，所以工作规划方向主要集中于学校、研究机构及相应的医药公司的研发和职位。生物技术一直是美国政府所支持的重点产业领域，包括克隆在内的尖端研究都是在政府的全力支持下所进行的，所以相关微生物学专业的就业状况一直以来都是趋向于良好发展。从 1997 年到 2002 年，美国的经济发展形势大好， NIH 持续大笔的投入，于是新的职位大量产生。无论是在研究机关或者生物公司，投资每年都以超过 7% 速度增长。而职位的上涨的速度也保持在 4-5% 左右。
但是近年来由于美国经济持续低迷，加上全球金融危机的影响，美国政府大幅缩减在基础研究方面的资产金额的投入。从 2003 年开始， NIH 对于科研的投入逐渐放缓了速度。与此对应的是，科研经费申请的难度大幅度提升。从 1999 年的13的成功率，降低到了15左右。职位的增加，也逐渐趋缓。比起以往，现在的微生物学专业就业状况的确不容乐观。
但是，能够正常的看到，微生物专业是一个交叉性十分强的学科，伴随科技快速的提升，学科划分越来越细，学科交叉性越来越强，生物相关的新兴学科方兴未艾。生物医学工程、生物统计学，生物信息学等学科再就业市场上已经展现出了其独特的优势，具备这样交叉学科技术的复合型高素质人才在就业市场上十分抢手。此外，生物相关的应用类学科包括公共卫生，食品，营养等，人才缺口也较基础研究类大。所以，在选择专业方向时，除了考虑自身性格特点和兴趣爱好之外，也要考虑行业和市场的特点。
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