微生物是形体细小（0.1mm）、结构简略的低等生物，包含细菌、霉菌、立克体、衣原体、螺旋体、病毒等。
1675年，荷兰商人列文虎克用其改善后的高倍显微镜（300倍左右），初次观察到雨水中的细菌。他的发现向人们提醒了微生物的存在。之后，许多细小的生物被连续发现。但在尔后近200年中，人们对微生物的知道仅停留在形状描绘的初级水平，许多科学家乃至以为微生物是自然发生的。
1861年法国生物学家、化学家巴斯德（L.Pasteur，1822-1895）依据曲颈瓶实验推翻了自然发生说，然后他还指出了酵母菌在发酵过程中的效果、流行症与病原微生物的联系，并据此发明晰多种防备流行症的疫苗。巴斯德的研讨导致微生物学的诞生。
1892和1897年，俄国微生物学家伊万诺夫（W.P.Ivanov）和德国细菌学家勒夫勒（F.A.J.Loeffler，1852-1915）先后在植物和动物中发现可以终究靠细菌过滤器的更小的微生物，然后揭开了非细胞生物──病毒的奥妙。
微生物的发现，使人类关于由其导致的动物感染性疾病、植物病害和发酵、腐败现象有了科学的知道，在进步医疗保健水平、促进工农业开展以及生态环境保护等方面无不具有极端重大意义。